Oinarrizko ikasketak Zornotzako Larrako komentuaren eskolan egin zituen. Ondoren, Gasteizko seminarioan Filosofia eta Teologia ikasketak egin zituen; azken horretako lizentzia 1900 inguruan eskuratu zuen, data zehaztasunez jakitea lortu ez badugu ere. 1899an apaiztu zen, Lemoa jaioterrian. Apaiztu baino hilabete batzuk lehenagotik, seminarioan bertan irakasle hasi zen, Humanitateen alorrean (Erretorika eta Gramatika). Datu ziurrik ez dago baina, hurbileko hainbat testigantzaren arabera ez zen gustura sentitzen Gasteizen eta, agian, gorabeheraren bat ere izan zuen elizbarrutiko nagusiekin; edozein kasutan ere, Lekeition latin irakasle-postu bat hutsik geratu zela jakin zuenean, haraxe aurkeztu zen eta 1904ko abenduaren 4an irakasle izendatu zuten.
Lanpostu hori gaur egun ere lekeitiarrek arrunki «Latinidade eskola» deitzen duten latin-prezeptoria batean zegoen, alegia, mutikoek, seminariora sartu aurretik, latina ikasteko zeukaten eskola berezian; Jose Jabier Uribarren ongileak 1862an sortua zen. Nautika eskolaren aldamenean zegoen. Horretan irakasle eman zuen bizitza ia osoa, era berean Karitateko Alaben komentuko kapilau zelarik ere, aldi batez.
Latina eta Teologia eskolastikoa izan zituen formakuntza intelektualaren oinarria eta gorputz nagusia; horiexek biok baliatu zituen lehenengo eta behin irakasle gisa, eta, ostean, sermolari, kazetari eta polemista iaio bezala. Apaiza eta euskaltzalea zen Eguzkitza ororen buru, eta politikari dagokionez, betidanik EAJ alderdi politikoaren hurbilekoa; horixe bere bizitzaren hainbat gakoren arrazoia.
Lekeition egin zuen apaiz-lana nagusiki gazteriaren ingurukoa izan zen, irakasle jardun zuen batik bat, eta, horretaz gain, Luistarren eta Mariaren Alaben zuzentzaile ere bai, batean zein bestean aldi batez. Katekesian ere inplikazio handia izan zuen, arlo askotan; bereziki, bera izan zen Jaungoiko-Zale elkarteak bultzatutako euskarazko katixima berria bizkaierara itzuli zuena (jatorrizkoa, gaztelaniaz prestatu zuen batzorde batek, eta Manuel Lekuonak gipuzkerara itzuli zuen). Baina ez hori bakarrik: 1924tik aurrera Jaungoiko-Zale elkartean umeentzako katixima lehiaketak antolatu zituzten, eta milaka umek esku hartu zuen (Bernardo Estornés Lasaren arabera, 1924-1935 urteen bitartean 5.964 umek parte hartu zuten, horietatik 1.770 sarituz, eta 1935ean umeak banaka barik, taldeka saritzen hasi ziren).
Izan ere, Jaungoiko-Zale elkarteko zuzendaritzako kide eta partaide aktiboa izan zen. Horren bitartez, katiximarekin lotutako gaiez gain, prentsa-artikulu ugari ere idatzi zuen Jaungoiko-Zale hilabetekarian eta, 1932tik aurrera, horren ondorengo zuzena zen Ekin astekarian. Hain juxtu ere, horretan gizarte-gaiez idatzi zuen hainbat artikulu, bildu eta liburu moduan argitaratu zuen gero, Gizarte auzia (1935) izenburuarekin. Umeekiko eta gazteriarekiko kezkarekin batera, gai sozialekiko ardura da, hartan ere, Eguzkitzak landu zuen beste alor nagusietako bat. Ildo horretan, Andres Urrutiak azpimarratu duen legez, AVACS elkarteko kide aktiboa izan zen beste euskal apaiz abertzale asko bezala (Larrañaga, Onaindia, Azpiazu, Aitzol…), Eliza Katolikoaren doktrina soziala sindikalgintzarekin uztartu nahirik; baina Eguzkitza enparauetatik bereziki nabarmendu zen bere lan hori euskaraz gauzatzeagatik.
Euskaltzaindia izan zen bere euskaltzaletasuna gauzatzeko beste plaza garrantzitsu bat. Lehen hamabi euskaltzain osoen taldekoa izan zen eta hasieratik oso kide aktiboa: bilera gehienetara joaten zen eta, sarritan, eurotan txostenak aurkeztu ere bai; gero Euskeran argitaratzen ziren horiek. Bere iritziek, askotan, talka egiten zuten Azkuerenekin, Sabino Arana eta haren jarraitzaileekiko jaidura nabarmenekoa zuelako, baina urrun zegoen muturreko posizioetatik eta nolabaiteko erdibide bat bilatzen saiatzen zen beti. Sermoilari gisa, ordea, ospe berezikoa zen, hil eta gero ere iraun duena. Andres Urrutiak bildu eta argitaratu zituen haren berbaldi aipatuenak.
Gerrak eragin itzela izan zuen haren bizitzan: 1937an, frankistak Lekeition sartu zirelarik, atxilotua eta epaitua izan zen. Une horretan Lekeition ziren zortzi apaizetatik bostek jasan behar izan zuten errepresio hori. Eguzkitzaren kasuan, epaiketan ez zuten erruduntzat jo baina, Lekeitioko etxea konfiskatu eta testigantza batzuen arabera, Bizkaitik alde egiteko ohartarazpen adeitsua jaso zuen; uko egin zion, ordea, eta Lemoara jo zuen. Gaixorik eta etsituta, handik bi urtera baino lehen hil zen.
Gehienetan euskaraz idatzi zuen, testu originalak zein testu erlijiosoen itzulpenak eta moldaketak. Ondoko aldizkari hauetan atera zituen bere lanak: Ekin, Euskal Esnalea, Euskera, Euzkadi, Euzkerea, Jaungoiko-Zale, La Vasconia, RIEV eta Yakintzan.
Sariz eta ohorez den bezainbatean, Euskaltzaleak elkarteak Kirikiño saria eman zion (1930), Ekin aldizkarian argitaratutako «Emakume euskotarra» artikuluagatik. Euskaltzaindiak 1975eko azaroaren 30ean omenaldia egin zion Lemoa jaioterrian, eta E. Erkiagak eta S. Onaindiak hitzaldiak egin zituzten. Orobat, Lemoan ikastetxe batek haren izena darama (Juan Bautista Eguzkitza Meabe Ikastetxea) eta Lekeition ere kale batek berorren izena du.
1903, Oratio, in Seminario Conciliari Victoriensi: pro inaugurandis academicis studiis: kalendis octobris anni 1903 (Eliam Sarasqueta).
1911, Cristoren Dotriñaco icasquizunic biarrenac / ipiñi ditu eusqueraz Juan B. Egusquiza abadiac Gure Jauna artu baño len icasi daguiezan eusqueldun umechuac [itzul.] (Verdes Achiricaren echean). PDF
1915, Garbitokiko arimaen illa / Sardá ta Salvany jaunak erderaz idatzi ebanetik euzkeraldua [itzul.] (Grijelmo-Alargun eta Semien irarkolean). Webgunea
1915, Iurreko Eleizan Kristar-irakaskintza zabalkundia deitxon Abade-bazkunaren batzar nagosi egunean: 1914 g. garagarrilla 1 / Eguskitza’tar egin eban itzaldija (Grijelmo-Alargun eta Semien Irarkolean).
1919, Andra Maria’ren loretako illa (Jaungoiko-Zale’ren irarkolean). PDF
1921, Vitoria-Eleizbarrutirako kristiñau-ikasbidea: Bizkai’ko euzkeraz: iru mallatan / Gotzain (Obispo) Jaunaren ardurapean, Jaungoiko-Jakituriaren Irakasle-Batzordeak atondu dau [itzul.] (Jaungoiko Zale’ren Irarkolan).
1921, Vitoria-Eleizbarrutirako kristiñau-ikasbidea: Bizkai’ko euskeraz: lenengo mallea / Gotzai (Obispo) Jaunaren ardurapean Jaungoiko-jakituriaren Irakasle-Batzordeak atondu dau [itzul.] (Jaungoiko Zale’ren Irarkolan).
1921, Vitoria-Eleizbarrutirako kristiñau-ikasbidea: Bizkai’ko euskeraz: lehenengo ta bigarren mallak / Gotzai (Obispo) Jaunaren ardurapean Jaungoiko-jakituriaren Irakasle-Batzordeak atondu dau [itzul.] (Jaungoiko Zale’ren Irarkolan).
1928, Arrasate’ko (Mondragon’eko) Euskal-egunetan Eguskitza euskaltzañak egindako itzaldia: 1927’garreneko Garalla’ren 4’an (Gaubeka).
1928, Mexikotar katolikoen alde: Loyola’n batu ziran Luistarrai Apaiz Jaun Eguskitza euskaltzañak egindako itzaldia 1928-garreneko jorrallaren 22’an (Gure Mutillak). PDF
1929, Andoain’go Euskal-Jayetan aurtengo iralla’ren 22’an Eguskitza euskaltzañak egindako eleiz-itzaldia: (gipuzkeraz eta bizkayeraz) (Jaungoiko-Zale’ren irarkolan).
1931, Umien laguna: («Argi Done Laburra» bizkayeratuta) [itzul.] (Jaungoiko Zale’ren Irarkolan). Webgunea
1934, Umien laguna: («argi done labur[r]a» bizkayeratuta) [itzul.] (Zornotza Jaungoiko Zale’ren Irarkolan). Webgunea
1935, Argi donea / Baltzola’tar Prantzisko Abak egiña; Eguzkitza’tar Jon U. Jaupariak bizkayeraztuta [itzul.] (Jaungoiko-Zale’ren Irarkolan). Webgunea
1954, Argi Donea (Uskurtz-Irakurgayak = Ediciones Religiosas).
1935, Eleiz-Liburua: («Argi Donea» laburtua) / Baltzola’tar Prantzisko Abak egiña; ta Eguzkitza’tar Jon U. Jaupariak bizkayeraztuta [itzul.] (Jaungoiko-Zale’ren Irarkolan).
1935, Gizarte-auzia: ugazaba ta langille arteko gora-berak (Jaungoiko-Zale). Webgunea
1990, Gizarte-auzia (Erein). PDF
1985, Eliz-berbaldiak: Labayru Ikastegiaren Euskal Bibliotekan aurkitzen diran eskuidaztietatik artuta [ale mekanografiatua, Labayruko Euskal Biblioteka].
2013, Neure entzule maiteak: Berbaldi hautuak (Labayru Fundazioa).
Euskera agerkarian
1919-1920, «“Bai” ta “ez” aditz aurrean: Azkue jaunari erantzuna» / Eguskitza, Lekeitio’n 20-V-1921. PDF
1919-1920, «Euskalki ala euskalgi» / (Eguzkitza yaunak batzar bertan [1920-IV-25] egindako ikerpena). PDF
1919-1920, «Euskalzain ala euskaltzain (euskeltzain)» / (Eguzkitza euskaltzain yaunak batzar bertarako [1920-I-7] egindako ikerpena). PDF
1919-1920, «Irugarren txostena: [euskal-izpiakeran «s» ta «z»-ren jarrai p, t, k, egokiago direla dirudi b, d, g, baño ...]» / (Euskaltzain berak [Eguzkitzak] batzar bertan [1920-I-7] egindakoa). PDF
1919-1920, «“-kari” atzizkia» / (Garillaren 23’ garren eguneko batzarrean Eguzkitza yaunak egindako ikerpena). PDF
1922, «Zabalak idatzitako adizpiakera batzuetzaz zerbait» / Eguzkitza. PDF
1922, «“Bai” ta “ez” aditz aurrean» / Eguskitza. PDF
1922, «Euskera idatziaren batasuna» / Eguskitza. PDF
1925, «Bizkai’ko euskeraren eta, batez be, bere adizpiakeraren aldakuntzak» / Eguskitza. PDF
1925, «Conjugación familiar o dialogada?» / Eguskitza. PDF
1926, «Eguskitza’tar J. B. euskaltzain jaunak Etxegarai’ri Euskaltzaindian sartu-zanean irakurritako itzaldia». PDF
1928, «Arrasate’ko euskalegunean Eguskitza euskaltzañak egindako itzaldia». PDF
1930, «El sufijo “-garri”» / Eguskitza. PDF
1930, «Los sufijos “-bel”, “-pel”, “-bil”, “-pil”, “-mil”» / Eguskitza. PDF
1930, «Verbos compuestos, factitivos o causales» / Eguskitza. PDF
1931, «Observaciones a algunos puntos de la Morfología vasca del señor Azkue» / Eguskitza. PDF
1934, «Verbos compuestos, factitivos o causales: ¿Cuál de ellos es el verdadero elemento factitivo?» / Eguskitza. PDF