Oinarrizko ikasketak Oiartzunen, Arrasaten eta Bergaran egin ondoren, eliz ikasketak Gasteizko Elizbarrutiaren seminarioan burutu zituen 1943-1953 artean. Apaiztu eta meza berria 1953an eman zuen Oiartzunen.
Ondoren, 1953-1955 artean, Erromako Unibertsitate Gregoriano Pontifikalean burutu zuen Teologia lizentzia. Erromako ikasketak eta Euskal Herriko lanak tartekatu zituen hurrengo urteetan. 1966an, unibertsitate berean aurkeztu zuen Ideario ascético-pastoral de Fray Bartolomé de los Mártires, O. P. (1514-1590) tesia.
Lehenago, 1956-1959 artean, Donostiako Añorga auzoko apaiz laguntzaile izan zen, eta 1960-1965 artean, Mutrikuko Saturrarango eta Donostiako seminarioetan aritu zen irakasle.
Erromatik itzulita, Donostiako elizbarrutiko seminario handian eskolak ematen Elizbarrutiko Liturgi Batzordeko kide izan zen, eliz testuak euskaratzeko langintzan.
Bestalde, Deustuko Unibertsitateak Euskal Filologiako lizentzia sortu zuenean, 1978-1979 ikasturtean eskolak ematen hasi zen Donostiako EUTG delakoan. Euskal Literatura eta bereziki Ahozko Literatura izan ziren bere irakasgai kutunak. 1992-1993 ikasturtean eskuratu zuen katedra.
Hogei urtez izan zen unibertsitate irakasle, 1997an erretiroa hartu zuen arte. Irakaskuntza jardun horren emaitza ezagunak dira Ahozko euskal literatura (1982) liburua eta Ikaskuntzak euskal literaturaz (1998) bilduma.
Euskal literaturaren historia aztertzeaz gain, poesiazko sormena izan zen bere alderdi garrantzitsuena. Donostiako seminarioan idatzitako Mindura gaur (1963) existentzialistak hasita, mitologia eta abangoardia uztartu zituen poema liburu ezagunetan: Muga beroak (1973), Ilargiaren eskolan (1979), Mimodramak eta ikonoak (1990), Ibilaldia (1996) bilduma eta hil ondoko Ibaiak basamortuan (2008).
Bestalde, kantagintzan ere aritu zen, elizarako prestatutakoez beste; Lurdes Iriondok, Imanolek edo Antton Valverdek kantatu zituzten haren letrak.
Eusko Ikaskuntzako nahiz Euskal Idazleen Elkarteko kide eta Euskal Itzultzaile, Zuzentzaile eta Interpreteen Elkarteko buru (1989) izan zen. Besteak beste, Meister Eckhart eta Johannes Tauler mistikoen idazlanak itzuli zituen euskarara.
Manuel Lekuona (1894-1987) euskaltzainaren iloba zen, eta haren aulkia hartu zuen Euskaltzaindian. Zuzendaritzako lanari dagokionez, euskaltzainburuorde (1989-1996) eta Donostiako ordezkari (1989-2005) izan zen.
Euskaltzaindiaren egiturazko arloetan izan zituen ardurez gain, Jagon Sailean nahiz Sustapen batzordean ere aritu zen 1989-2005 artean.
Nolanahi den, ikerketari dagokionez, aztergai nagusi Literatura izan zuen. 1978-1989 artean Bertsolaritza batzordeko kide izan zen; 1985etik aurrera Herri Literatura izena hartu zuen batzorde horrek. 1989-2005 artean, orobat, Literatura Ikerketa batzordeko arduradun izan zen, eta garai horretan prestatu zuten Literatura terminoen hiztegia (2008) izango zena. Azkenik, Herri Literatura batzordeko arduradun ere izan zen 1997-2005 artean.
Poesia lanak eta literatur azterketak agerkari askotan eman zituen: Altzagako Kazeta, El Bidasoa, Deia, Egan, Egin, Eguna, Euzko-Gogoa, Garaia, HABE, Hegats, Idatz & Mintz, Isilik, Jakin, Jaunaren Deia, Karmel, Kurpil, Lartaun, Mintzo eta Kantu, Mundaiz, Oarso-Renteria, Oiartzun, Oihenart, Olerti, RIEV, Unescoren Albistaria, Zeruko Argia edota Zurgai.
Sari eta ohoreez den bezainbatean, honako hauek jaso zituen: Organización Sindical Española-ren Educación y Descanso-ko Santo Tomás saria (1950, 1951), Arantzazu saria (1966), Espainiako Kritikaren Saria (1979, 1990), Eusko Jaurlaritzaren Euskadi Literatur saria (1991), Euskal Idazleen Elkartearen omenaldia (1997), Galiziako PEN Clubaren Rosalia de Castro saria (1998), Koldo Mitxelena Kulturuneak antolatutako jardunaldiak (2002), Oiartzungo Udalaren omenaldia (2002), Euskal Itzultzaile, Zuzentzaile eta Interpreteen Elkartearen ohorezko kide (2002), Egan aldizkariaren zenbaki monografikoa (2002), eta apaizgoaren urrezko ezteiak (Donostia, 2003).
Hil ondoren, Euskaltzaindiak eta Oiartzungo Udalak Juan Mari Lekuona hurbiletik (2008) eta Juan Mari Lekuona-ri omenaldia (2009) liburuak eskaini zizkioten. Familiak Juan Mari Lekuonaren biblioteka Oiartzungo Udal Liburutegiari eman zion dohaintzan 2011n.
Itzulpenak
1959, Ezkongai [elkarlanean], (Artes Gráficas E. Cuchy).
1966, Orduen Liturgia [elkarlanean], (Euskal Herriko Liturgiako Taldea).
1984, Urtaroak : egitaraua / Josep Haydn, (Tamayo).
1985, Bi munduen sinfonia / Helder Camara, (s.n.).
1988, Euskal Herriko mitoak / José Miguel de Barandiarán, (Gipuzkoako Kutxa).
1997, Mistika liburuak, (Klasikoak).
Literatura
1966, Mindura gaur, [argitaragabea].
1973, Muga beroak, (Mensajero).
1979, Ilargiaren eskolan, (Erein).
1990, Mimodramak eta ikonoak, (Erein).
1992, Mimodramas e iconos, (Librería Anticuaria El Guadalhorce).
1996, Ibilaldia : (1950-1990), (Euskal Herriko Unibertsitatea).
2008, Ibaiak basamortuan, (Euskal Herriko Unibertsitatea).
Ikerketak, biografiak eta edizioak
1968, Ideario ascético-pastoral de Fray Bartolomé de los Mártires, O. P. (1514-1590), (ESET-Seminario de Vitoria).
1982, Ahozko euskal literatura, (Erein).
1988, Manuel Lekuona : (1894-1987), (Eusko Jaurlaritza).
1991, Idazlan guztiak / Nikolas Ormaetxea "Orixe" [elkarlanean], (Eusko Jaurlaritza; Etor).
1992, 1685eko kopla zaharrak [elkarlanean], (Ego Ibarra).
1995, Manuel Lekuona Etxabeguren. (Eusko Ikaskuntza).
1998, Ikaskuntzak euskal literaturaz : (1974-1996), (Deustuko Unibertsitatea).
1999, Oiartzungo kantutegia : bertako herri memoriatik, (Oiartzungo Udala).
2009, Etxetxikiko On Manuel Lekuona [elkarlanean], (Oiartzungo Udala).
Euskera agerkarian
1975, "Txirrita eta Basarri". PDF
1982, "Bertsolarien estrofa-motak hegoaldeko usarioan". PDF
1987, "Manuel Lekuona Etxebeguren (1894-1987) [hilberri-txostena]". PDF
1989 "Erdi-ahozkotasunaren literatur estiloaz [sarrera-hitzaldia]". PDF
1989, "Izaera eta ofizio bereziko pertsonaien erretaula Euskaldunak poeman". PDF
1989, "Manuel Lekuona, kulturlari euskalduna". PDF
1991, "Euskaltzaindiaren laguntzaileak (1933)". PDF
1991, "Kontapoesiaren modulu metrikoak Hegoaldeko usarioan". PDF
1992, "Gipuzkoako herri-ipuin idatziak". PDF
1992, "Jose Migel Zumalabe Mendiburu (1906-1992) [hilberri-txostena]". PDF
1994, "Euskal estrofez". PDF
1995, "Manuel Lekuonaren metodologia ahozko literaturaren ikerketan". PDF
1996, "Luis Jauregi Jautarkol-en Biozkadak. Testu azkerketa". PDF
1996, "Refranes y sentencias: zenbait baliabide mnemotekniko". PDF
1996, "Santiago Onaindia (1909-1996) eta euskal olerkigintza [hilberri-txostena]. PDF
1999, "Pedro Ignazio de Barrutia, Gabonetako ikuskizuna". PDF
2000, "Basarri joan zaigu (1913-1999) [hilberri-txostena]". PDF
2001, "Bitoriano Gandiaga (G.B.) (1928-2001) [hilberri-txostena]". PDF
2002, "1977 Umeen kantuak. (2)". PDF
2002, "Umeen mintzairaz eta kantuez. 1, Manuel Lekuonaren urratsak apain-olerkiaren teoria mamitzerakoan". PDF
2002, "Pedro Berrondo Lasarte : (1919-2002) [hilberri txostena]". PDF
Iker bilduman
1992, "Basarriren bertsolari proiektua". PDF
1997, "Euskal balada tradiziozkoen estiloaz". PDF
2003, "XIX. mendeko koblakarien bertso-moldez". PDF
2009, "Arrats bakardadean [A. Aranburu arg.]". PDF
