Oinarrizko ikasketak Bilboko institutuan egin ondoren, Deustuko Unibertsitatean Zuzenbidea ikasi zuen, nahiz eta titulu ofiziala eskuratzeko Salamancako Unibertsitatera joan behar izan, garai hartan egin ohi zen bezala. Abokatua zen, beraz, Zuzenbide Zibil eta Kanonikoan lizentziaduna (1892), baina inoiz ez zuen jarduera profesionalik izan. Horren ordez ikertzaile independente eta eruditua izatea hautatu zuen, politikagintzan ere esku-hartze nabarmenak izan zituelarik, nahiz eta, ziur aski, azken horiek bigarren mailakotzat joko zituen berak.
Familiak sakon markatu zuen bere bizitza: sozialki, goi burgesiako familia bat zen bete-betean, interes ekonomiko handiak zituena merkataritzan, industrian edo banketxeetan; politikoki, karlistak ziren eta politikagintzan esku hartzera ohituak; ideologikoki, kristau integristak eta fededun kartsuak. Familiatik zetozkion hiru ezaugarri horiei eutsi zien Julio Urkixok bizi guztian, baina garrantzitsua da azpimarratzea maila pertsonalean liberala eta irekia izan zela tratuan eta, ikerkuntzari dagokionez, oso aurrerazalea. Horrek guztiak itzal handikoa bihurtu zuen euskal gizartearen sektore oso desberdinen artean.
Jarduera politikoari dagokionez, bi aldiz izan zen diputatu Madrilen (1903-1905 eta 1931-1933): lehenean Tolosako (Gipuzkoa) barrutia ordezkatu zuen, eta bigarrenean Gipuzkoa osoa. Esku hartze zuzenez haraindi, dena den, haren inguru hurbila, bai familia eta bai lagunartea, beti zegoen ardura politiko handiak zituen jendez betea.
Haurtzaroa Deustun eman zuen, eta gaztaroan familia Bilbon jarri zen bizitzen. 1894an Bizenta Olazabalekin ezkondu zen. Hau gipuzkoar familia ospetsu bateko alaba zen, Donibane Lohizunen errotua; ondorioz, hantxe bizi izan zen bera ere hogei urtez, Urkixo-Baita izeneko jauregi ederrean. Lehen Mundu Gerra hasi zenean Donostiara aldatu ziren, eta aurrerantzean bertan bizi izan zen beti. Orobat, bidaiari handia izan zen eta erraztasun handiz mugitzen zen Europan zehar eta baita handik kanpo ere.
Ama hizkuntza zuen gaztelaniaz gain, frantsesa, ingelesa eta alemana menperatzen zituen, baina euskara izan zen beti bere kuttuna, nahiz eta inoiz ez zen euskaraz egiteko gai izan; izan ere, Urkixorentzat euskara batez ere ikergaia izan zen, baina inola ere ez ikergai hutsa, baizik eta berak biziki maite zuen herri baten hizkuntza. Ildo horretan esan daiteke bere bizitzan zehar, nolabait, karlisten sektore euskaltzaleena ordezkatu zuela beti, bai gerra aurretik eta, bereziki, gerra ondoren ere. Euskaltzaindiaren iraupena 1939tik aurrera neurri handi baten haren itzal handiari zor zaio.
Hizkuntzekiko jaidura gaztetatik zetorkion. Hasieran volapük izeneko hizkuntza artifizialarekin zaletu zen, baina laster jo zuen euskarara. Bilakaera horretan zerikusi handia izan zuten bai Deustuko Unibertsitatean irakasle izan zuen Julio Cejadorrek eta bai Resurreccion Maria Azkuek, handiki familietan ohikoa zenez haren etxeko kapilaua baitzen, gaztetatik ezagutzen zuena eta betiko adiskide izan zena. Horrela, Urkixok ere pairatu zuen tradizio filologiko astarloatarraren eragina, baina badirudi hasieratik hastandu zela bide horretatik eta, ostera, bete-betean jo zuela Europatik zetozen joera zientifiko modernoetan sakontzera, euskal ikasketetan pentsamolde horren adibide paradigmatikotzat hartua izatera iristeraino.
Bi ekarpen handi egin zituen euskararen gaineko ikerkuntzan: batetik, RIEV izenarekin ezagutzen dugun aldizkari akademikoa sortzea eta, bestetik, euskal gaietan eta testu zaharretan dagoen biblioteka nagusietako bat biltzea. Biak estuki lotuta daude, aldizkariaren zeregin nagusia ikerketak eta testu zaharren edizio berriak argitaratzea zenez gero.
Aldizkariari dagokionez, Urkixo izan zen haren sortzaile eta zuzendari; hasiera batean Parisen argitaratu zen (1907-1914), gero Parisen eta Donostian (1914-1922), eta finean Donostian bakarrik (1922-1936). 1922tik aurrera, hain zuzen ere, Eusko Ikaskuntzaren argitalpena izatera igaro zen, baina Urkixok zuzendari jarraitu zuen, lehen bezala. 1937tik aurrera ez zen argitaratu, nabarmen diren arrazoiengatik, baina 1983an berpiztu zen berriz ere Eusko Ikaskuntzaren baitan, eta gaur egun hala jarraitzen du.
Haren bibliotekari dagokionez, Urkixoren heriotzaren ondoren Gipuzkoako Diputazioak erosi zuen, ikertzaile guztien eskura jarriz, eta gaur egun Koldo Mitxelena Kulturunean dago. Koldo Mitxelena zenak berak behin baino gehiagotan azpimarratu zuen bilduma bibliografiko horren garrantzia euskal ikerkuntzaren oinarri gisa, eta kontu jakina da berberak ere sakonki baliatu zuela bere ikerketetan, ondoren etorri diren beste filologo eta hizkuntzalari askok bezala.
Euskaltzaindiaren lau sortzaileetako bat izateaz gain, erakunde horren lehen bibliotekari-artxibozain (gutunzain) izan zen (1919-1921) eta, halaber, lehen Iker sailburu (1920-1921).
Bere ikerketa gehienak RIEVen argitaratu zituen, eta ondoko aldizkari eta egunkari hauetan ere idatzi zituen artikuluak: Boletín de la Real Sociedad Vascongada de Amigos del País, Domingo, Easo, El Bidasoa, El Correo de Guipúzcoa, El Diario de Navarra, El Diario Vasco, El Fuerista, El Noticiero, El País Vasco, El Pensamiento navarro, El Porvenir vasco, El Pueblo Vasco, El Sol, Eskualduna, Euskal Esnalea, Euskalerriaren alde, Euzkadi, Gure Herria, La Baskonia, La Constancia, La Gaceta del Norte, La Tarde, La Voz de España, La Voz de Navarra, Le Nouvelliste, Notes and Queries, Prensa bilbaína, Revue de linguistique eta de philologie comparée, The Oxford Times eta abar.
Sariez eta ohoreez den bezainbatean, hauek jaso zituen: Baionako Cercle d´Etudes Euskariennes-eko buru (1911-1913); Eusko Ikaskuntzaren buruorde (1919-1930); Real Academia Española-ko kide (1927); Espainiako Historiako Errege Akademiako urgazle (1909); Euskalzaleen Biltzarreko buru (1908); Euskal Esnalea elkartearen buru; «Grand officier de l'Ordre du Medjidie» delakoaren gurutzea (1908); San Petersburgoko Volapük Akademiaren kide; Karlos VII. erregegai karlistak Urkixoko konde (1907) eta Jaime I. erregegaiak “Orden de la Legitimidad Proscrita” delakoaren zaldun (1923) izendatu zuten; Parisko Hizkuntzalaritza Elkarteko kide; Bordeleko Akademiako kide; Gipuzkoako Monumentu batzordeko buru; Honoris Causa doktore Bonn-eko Unibertsitatetik (1924); Euskalerriaren Adiskideen Elkarteko buru (1943); Gipuzkoako Seme Etxekotua (1942); Bizkaiko Seme Kuttuna (1942); Euskalerriaren Adiskideen Elkarteak antolaturik omenaldia egin zitzaion Azkoitiko Insausti jauregian, Araba, Bizkaia, Gipuzkoa eta Nafarroako diputazioetako goi ordezkariak bertan zirela (1949); horren osagarri gisa, Homenaje a D. Julio de Urquijo e Ybarra : estudios relativos al País Vasco (1949-1950) izenburuko omenezko liburua (hiru liburukitan) argitaratu zen; Espainiako Gobernuak “Gran Cruz de Alfonso X el Sabio” eman zion (1949); Gipuzkoako Diputazioak haren biblioteka erosi zuen (1951) eta Julio Urkixo Mintegia sortu (1953) eta izen bereko urtekaria, Anuario... (1954- ) eta Gehigarriak (1955- ) abiatu zituen; haren jaiotzaren mendeurrenaren karietara, hainbat hitzaldi eta ekitaldi antolatu ziren Donostian eta Bilbon (1971-1972), Euskalerriaren Adiskideen Elkarteak eta Julio Urkixo Euskal Filologia Mintegiak antolaturik; Euskaltzaindiak omenaldia eskaini zion Bilbon bere Urrezko Ezteien karietara (1969) eta XV. Biltzarra Resurreccion Maria Azkue eta Julio Urkixoren omenez antolatu zuen (2001).
1889, Konils Volapükik (Oscar Leiner).
1905, Notas bibliográficas acerca de la primera edición del libro del Capitán don Ivan de Perocheguy (Imprimerie J. Dargains). Webgunea
1905, Un manuscrito vasco-latino que se creía perdido (Imprenta de "El Correo de Guipúzcoa"). Webgunea
1906, Un catecismo vascongado de 1759 [arg.] (Librairie Orientale et Américaine E. Guilmoto). Webgunea
1907, Obras vascongadas del doctor labortano Joannes d'Etcheberri (1712) [arg.] (Paul Geuthner). Webgunea
1909, Los refranes vascos de Sauguis [arg.] (Imprimerie A. Lamaignère). Webgunea
1909, Los refranes vascos de Sauguis : (apéndice) [Nápoles 15 de febrero de 1909] (Richter & C.).
1909, Los refranes vascos de Sauguis : (apéndice), [Nápoles 4 de abril 1909] (Paul Geuthner).
1911, La tercera Celestina y el Canto de Lelo (Honoré Champion).
1912, Una fuente del Guero : (Axular imitador de Fr. Luis de Granada) (Imp. J. Dargains). Webgunea
1912, Les études basques : leur passé, leur état présent, leur avenir (Honore Champion).
1913, De linguística y etnografía vascas : a propósito del viaje del Dr. Rodolfo Trebitsch (Ehrhardt Karras).
1914, La literatura poética vasca : (rectificaciones necesarias) (A. Foltzer). Webgunea
1915, El herrador vascófilo José Pablo Ulibarri : ¿historia o novela? (Imp. de Martín, Mena y Cª). Webgunea
1918, Estado actual de los estudios relativos a la lengua vasca : discurso pronunciado en el Congreso de Oñate, el día 3 de Septiembre de 1918 (Eléxpuru Hermanos).
1919, Lengua internacional y lenguas nacionales : el "euskera" lengua de civilización (Martín, Mena y Compª). Webgunea
1919, Los refranes de Garibay (Martín, Mena y Compª). Webgunea
1920, Lengua internacional y lenguas nacionales : el euskera lengua de civilización (Bilbaina de Artes Gráficas).
1922, Sobre el tocado corniforme de las mujeres vascas : (siglo XVI) (Eusko Ikaskuntza). Webgunea
1924, Concordancias vizcaínas (Imprenta de los Sucesores de Hernando).
1925, Menéndez Pelayo y los caballeritos de Azcoitia : un juicio sujeto a revisión (Imp. de Martín y Mena). Webgunea
1927, De cómo se intitula el primer libro impreso en Bilbao (Sociedad de Estudios Vascos). Webgunea
1928, El cura Santa Cruz : la cruz de sangre (Nueva Editorial). Webgunea
1929, Discursos leídos ante la Real Academia Española en la recepción pública de Don Julio de Urquijo e Ibarra el día 24 de noviembre de 1929: [De algunos problemas de interés general que suscita el euskera. Contestación de V. García de Diego] / [Don Julio de Urquijo e Ibarra ; D. Vicente García de Diego] (Nueva Editorial). Webgunea
1929, Los Amigos del País : (según cartas y otros documentos inéditos del XVIII) (Imp. de la Diputación de Guipúzcoa). Webgunea
1931, Del teatro litúrgico en el Pais Vasco : "La passión trobada" de Diego de San Pedro : (representada en Lesaca, en 1566) (Imprenta de la Diputación de Guipúzcoa).
1933, Introducción al Linguae Vasconum Primitiae de Bernard Dechepare : (primer libro impreso en vascuence) (Nueva Editorial).
1964, Refranero vasco : los refranes y sentencias de 1596 [2 libk.] (Auñamendi).
1997, Un juicio sujeto a revisión : Menéndez Pelayo y los Caballeritos de Azcoitia (Real Sociedad Bascongada de los Amigos del País).
1998, Joannes Etcheberriren lan osoa = Ouvres complètes : 1712-1718 [arg.] (Atlantica).
Ondoko argitaraldi honen faksimile berregintza: Obras vascongadas del doctor labortano Joannes d'Etcheberri (1712) (Paul Geuthner, 1907).
