Oinarrizko ikasketak Ataunen eta Baliarrainen egin zituen. Gasteizko Elizbarrutiko Seminarioan eliz ikasketak egin eta 1914an apaiztu zen. Bere kasa irakasle ikasketak egin zituen aldi berean.
1913ko uda Leipzigeko Unibertsitatean eman zuen, etnografiak sortzen zion jakin-minari jarraituta, Wilhelm Wundt psikologoarekin. Teologia lizentzia Burgosko Unibertsitate Eklesiastikoan eskuratu zuen 1915ean.
1916. urtetik aurrera, Telesforo Arantzadi eta Enrique Eguren katedradunekin elkarlanean, Euskal Herriko historiaurrea arkeologiaren bidez ikertzeari ekin zion. Hiruko horrek haitzuloen eta monumentu megalitikoen indusketak egin zituen hogei urtez.
1917an Gasteizko Elizbarrutiko Seminarioaren ikasturte hasierako hitzaldia Euskal Herriko historiaurreaz egin zuen, hain zuzen. Seminarioan, orobat, Fisika eskolak eman zituen 1913. urtetik.
Henri Breuil-ek Parisko Paleontologia Institutuan emandako ikastaroetan parte hartu zuen 1923-1924 urteen artean.
1921. urtean sortutako Sociedad de Eusko-Folklore-ren egoitza seminariotik Antze eta Lanbide Eskolara aldatu behar izan zuen 1925ean. Horrela, Eusko Ikaskuntzaren magalean, Etnologia eta Eusko-Folklore Laborategiko lanekin jarraitu ahal izan zuen.
1926an Gasteizko Elizbarrutiko Seminarioaren errektoreorde izendatu zuten. Ikasketa orokorren, eta, bereziki, euskal ikasketen maila zientifikoa indartu zuen, natur zientzien eta antropologiaren bidez. Euskalerri'ko leen-gizona (1934) liburua argitaratu zuen garai horretan.
Espainiako Gerra Zibilaren ondorioz erbesteratu egin zen, lehenengo Biarritzera eta 1942tik aurrera Sarara, Pilar Barandiaran iloba laguntzaile zuela. Halaber, Mateo Muxika Gasteizko apezpiku deserrituak idatzitako "Imperativos de mi conciencia" (1945) dokumentuaren sorreran parte hartu zuen.
Erbestean arkeologia eta etnografia ikerketekin jarraitu ahal izan zuen, besteak beste, Frantziako Hezkuntza Nazionaleko Ministeriorako edota Frankfurteko Unibertsitaterako lanean. Bigarren Mundu Gerra bukatuta, nazioarteko biltzarretan parte hartu zuen Londresen, Oxforden, Parisen edota Bruselan 1946. urtetik 1951. urtera.
1953an erbestetik itzuli zen Salamancako Unibertsitateko Manuel de Larramendi katedraren hasierako hitzaldiak ematera. Geroztik Ataunen bizi izan zen ilobarekin, eta arkeologia indusketekin jarraitu zuen.
Aranzadi Zientzia Elkartearen eta Eusko Ikaskuntzaren magalean, bere ingurura bildutako unibertsitate ikasleekin, gaur arte iraun duen ikertzaile eskola bat sortu ahal izan zuen. 1972-1983 urteen artean, La Gran Enciclopedia Vasca-k Jose Migel Barandiaranen idazlan guztiak argitaratu zituen 23 liburukitan.
1965. urtetik 1977. urtera Nafarroako Unibertsitateko Euskal Etnologia katedra bete zuen. Bertatik abiatu zituen Etniker taldea eta Euskal Herriko atlas etnografikoaren egitasmoa.
Euskaltzaindiari dagokionez, hainbat biltzarretan parte hartu zuen: I. Euskalegunak (Durango, 1921), Euskaltzaindiaren I. Biltzarra (Arantzazu, 1956), edota Odon Apraizen omenaldia (Gasteiz, 1976). Halaber, Euskaltzaindiak zilarrezko domina eman zion ehun urte bete zituenean (Ataun, 1989).
Hainbat elkarte eta erakundeko kide izan zen: Sociedad de Eusko-Folklore-ren sortzaile (1921), Museo del Pueblo Español-eko patronatuko kide (Madril, 1930), Nazioarteko Antropologia eta Etnologia Biltzarretako kontseiluko kide (Londres, 1934), Ikuska-ren sortzaile (1946), Gernika Eusko-Ikaskuntzen Lagunarteko zuzendari (1947), Euskalerriaren Adiskideen Elkarteko kide (1956), Aranzadi Zientzi Elkartearen ohorezko buru (1960), Etniker Bizkaia-ren sortzaile (Derio, 1973) edota Eusko Ikaskuntzako (1976) eta Jose Miguel de Barandiaran Fundazioko (1988) buru. Hain zuzen, Jose Miguel de Barandiaran Fundazioa gaur egun haren ondarea zaintzeaz arduratzen da.
Wilhelm Schmidt-ek zuzentzen zuen Anthroposeko berriemaile izateaz gain, beste aldizkari askoren sortzaile eta zuzendari izan zen: Anuario de la Sociedad de Eusko-Folklore (1921-1991), Eusko Folklore (1921-1975), Gymnasium (1927-1932), Idearium (1934-1935), Ikuska (1946-1951) edota Eusko-Jakintza (1947-1957). Beste hainbat agerkaritan ere idatzi zituen artikuluak antropologiaz: Aintzina, Anayak, Boletín de la Institución Sancho el Sabio, Boletín del Instituto Americano de Estudios Vascos, Boletín del Seminario de Estudios de Arte y Arqueología, Boletín de la Sociedad Aragonesa de Ciencias Naturales, Boletín de la Sociedad de Estudios Vascos, Boletín de la Sociedad Ibérica de Ciencias Naturales, Boletín Oficial del Obispado de Vitoria, Bulletin de la Société Préhistorique de France, Bulletin du Musée Basque, Cuadernos de Etnología y Etnografía de Navarra, Cuadernos de Historia Primitiva, Estudios de Arqueología Alavesa, Etniker, Euskalerriaren Alde, Euzko-Enda, Euzko-Gogoa, Fontes Linguae Vasconum, Gernika, Gure Herria, Herria, Kobie, Munibe, Noticiario Arqueológico Hispánico, Ohitura, Paideuna, RIEV, Vida Vasca, Vizcaya, Yakintza, Zephyrus edota Zeruko Argia.
Sari eta omenaldiei dagokienez, besteak beste, honako hauek jaso zituen: La Academia Errante-ren omenaldia (1963); haren izena daramate Donostiako Lizeoak (1974), Bermeoko Udal Liburutegiak (1980) eta Leioako Institutuak (1987); Nafarroako Unibertsitatearen omenaldia (1977); Eusko Ikaskuntzaren omenaldia (Oñati, 1979), eta haren izeneko beka (1980); honoris causa doktore izendatua Euskal Herriko Unibertsitateak (1978), Deustuko Unibertsitateak (1986) eta Madrilgo Complutense Unibertsitateak (1987); Gasteizko Teologia Fakultatearen omenaldia (1980); Gipuzkoako Foru Aldundiaren seme kutun (1983); Eusko Jaurlaritzaren Gernikako Arbolaren Gurutzea (1987); Espainiako Kultura Ministerioaren (1988), Nafarroako Gobernuaren (1988) eta Arabako Foru Aldundiaren (1990) urrezko dominak; “Gure lehen urratsak 1990” omenezko erakusketa (Madril, Donostia eta Gasteiz) edota Espainiako errege Karlos III.aren Ordenako Gurutze Handia (1991). Ataungo Udalak, orobat, Barandiaran Museoa zabaldu zuen 2010ean.
Material eta leku prehistorikoak
1917, Discurso leído en la solemne apertura del curso de 1917 a 1918 en el Seminario Conciliar de Vitoria, (Montepio Diocesano).
1925-1935, Exploraciones de la caverna de Santimamiñe : (Basondo, Cortézubi), [elkarlanean], (Grijelmo).
1928, Exploraciones prehistóricas en Guipúzcoa los años 1924 a 1927 : cavernas de Ermitia (Sasiola), Arbil (Lástur) y Olatzaspi (Asteasu), dolmen de Basagañ (Murumendi) y caverna de Irurixo (Vergara), [elkarlanean], (Imp. de la Diputación de Guipúzcoa).
1960, Estación prehistórica de Kurtzia, Barrica-Sopelana (1959), [elkarlanean], (Diputación Provincial de Vizcaya).
1960, Excavaciones en Atxeta, Forua (1959), [elkarlanean], (Imp. Provincial de Vizcaya).
1961, Excavaciones en Atxeta, Forua (1960), [elkarlanean], (Diputación Provincial de Vizcaya).
1971, La cueva de Santimamiñe, (Luzyson).
Megalitismoa
1920, Exploración de siete dólmenes de la Sierra de Ataun-Borunda, [elkarlanean], (Imp. de la Provincia).
1921, Exploración de ocho dólmenes de Altzania, [elkarlanean], (Imp. de la Diputación de Guipúzcoa).
1922, Exploración de diez y seis dólmenes de la Sierra de Elosua-Plazentzia, [elkarlanean], (Imprenta de la Diputación de Guipúzcoa).
1922, Los nuevos dólmenes de la Sierra de Encia : memoria presentada a la Junta Permanente de "Eusko-Ikaskuntza", [elkarlanean], (Graphos).
1923, Exploración de cuatro dólmenes de Belabieta, [elkarlanean], (Imp. de la Diputación de Guipúzcoa).
1923, Exploración de seis dólmenes de la Sierra de Urbasa (Navarra) : memoria presentada a la Junta Permanente de "Eusko Ikaskuntza", [elkarlanean], (Eusko-Ikaskuntza).
1924, Exploración de ocho dólmenes de la Sierra de Aralar, [elkarlanean], (Imp. de la Diputación de Guipúzcoa).
1961, El castro de Inchur, (Imprenta de la Diputación de Guipuzcoa).
Material eta leku historikoak
1923, Grutas artificiales de Alava : memoria presentada a la Junta Permanente de "Eusko-Ikaskuntza", [elkarlanean], (Eusko-Ikaskuntza).
1959, Excavaciones en Sagastigorri (Cortezubi) : primera y segunda campañas (1958), [elkarlanean], (Diputación de Vizcaya).
Paletnografia eta geologia
1931, Breve historia del hombre primitivo, (Montepio Diocesano).
1932, Apuntes de geología general y de la del País Vasco, (Montepio Diocesano).
Euskal historiaurrea
1934, Euskalerri'ko leen-gizona : (Eusko-lurretan lenengo izan ziran gizonen edesti laburra), (Beñat Idaztiak).
1934, El hombre primitivo en el País Vasco, (Beñat Idaztiak).
1953, El hombre prehistórico en el País Vasco, (Editorial Vasca Ekin).
1972, Lehen euskal gizona, (Lur).
Espainiako Gerra Zibila
1937, Un cardenal español y los católicos vascos : la conciencia cristiana ante la guerra de la Península Ibérica / Angel de Zumeta, (Minerva).
1937, Los documentos episcopales y los nacionalistas vascos : la teología de la invasión fascista / Angel de Zumeta, (Euzko Deya).
2005, La guerra civil en Euzkadi : 136 testimonios inéditos recogidos por Jose Miguel Barandiaran, (Bidasoa).
Euskal mitologia
1928, Mitología del pueblo vasco II : las piedras y los monumentos prehistóricos, (Montepio Diocesano).
1960, Mitología vasca, (Minotauro).
1972, Diccionario ilustrado de mitología vasca, (Biblioteca de la Gran Enciclopedia Vasca).
1983, Mitología vasca, (5. arg. Txertoa).
1984, Diccionario de mitología vasca, (Txertoa).
1988, Euskal Herriko mitoak, (Gipuzkoako Kutxa).
1993, Dictionnaire illustré de mythologie basque, (Elkar).
1994, Mitología del pueblo vasco, (Etor).
Metodologia etnografikoa
1963, Cuestionario para un estudio etnográfico del pueblo vasco, (Ciencias Naturales Aranzadi : Museo de San Telmo).
1976, Guía para una encuesta etnográfica, (Consejo de Cultura de la Diputación Foral de Alava).
1985, Etnografizko [sic] galdeketa batetarako gidaliburua eta berriemaileraen [sic] biografia, (Haranburu).
1988, Elkarteko gertakien sortze eta azkera, (Kriselu).
Hilarriak, errituak
1970, Estelas funerarias del País Vasco : (zona Norte), (Txertoa).
1984, Stèles et rites funéraires au Pays Basque, (Ekaina).
Bildumak
1960-1962, Mundua Euskalerriaren gogoan, [elkarlanean], (Auñamendi).
1978-1988, Euskaldunak : euskal etnia, [zuz.], (Etor).
1978-1993, Euskaldunak : la etnia vasca, [zuz.], (Etor).
1984, Brujería y brujas en los relatos populares vascos, (Txertoa).
1987, De etnografía de Navarra : modos de vida, casas, ritos funerarios, creencias, mitos, prácticas supersticiosas y brujeriles, (Txertoa).
1990, Recetas y remedios en la tradición popular vasca, (Txertoa).
2008, Selected writings of Jose Miguel de Barandiaran : Basque prehistory and ethnography, (University of Nevada).
Idazlan guztiak
1972-1983, Obras completas, (La Gran Enciclopedia Vasca).
Jose Miguel de Barandiaran Fundazioa
1992, Índices de términos arqueológicos contenidos en las obras completas de D. José Miguel de Barandiaran / Jesús Altuna, Koro Mariezkurrena, Consuelo Mariezkurrena, (Colección Sara, 2).
2000, Bosquejo etnográfico de Sara, (Colección Sara, 3).
2000, Curso monográfico de etnología vasca, (Colección Sara, 4).
2003, Apuntes de geología general y de la del País Vasco, (2. arg. Colección Sara, 5)
2003, Vida y obra de D. José Miguel de Barandiaran : 1889-1991 / Ander Manterola, Gurutzi Arregi, (Colección Sara, 1).
2005-2009, Diario personal, (Colección Sara, 6, 8).
2006, Eusko-Folklore. Materiales y Cuestionarios. Vitoria/Bayonne 1921-1941. Sare/San Sebastián 1947-1975, (Colección Sara, 7).