Oinarrizko ikasketak Donostian egin ondoren, Madrilgo Unibertsitate Zentralean burutu zuen Zuzenbide lizentzia (1883), eta hurrengo urtetik aurrera hasi zen abokatu gisa lanean familiaren jatorrizko herrian, hots, Arrasaten. Bizi guztia herri berean eta lanbide horretan eman zuen, Gerraenea izeneko etxean, eta horrek garrantzi handia izan zuen bere ikerketetan, eskuarki Gipuzkoa osoa kontuan hartzen badute ere, arreta berezia jartzen baitute Debagoienean, Aramaio barne dela.
Gaztetan poema eta narrazio labur gutxi batzuk idatzi zituen, batzuk euskaraz eta bat edo beste gaztelaniaz, Euskal Erria edo Euskalzale aldizkarietan argitaratu zirenak, baina berehala heldu zion bere benetako pasioa izango zenari: Euskal Herriko historia, bereziki Erdi Arokoa. Orobat, aurrerantzean gaztelaniaz idatzi zuen ia beti, salbuespenak salbuespen. Dena den, Historiako testuak idazteko orduan ere, joera izan zuen modu narratiboa erabiltzeko, gertakizunen kontaerari nolabaiteko kutsu literarioa ezarriz; hori ondo ikusten da bere euskarazko testu luzeena den Ama Birjiña Aranzazu-koaren kondaira-n (1890) edo, gaztelaniaz, bere lanik ospetsuena bilakatu zen Los cantares antiguos del euskera : viejos textos del idioma (1924) bilduman, zeinetan euskarazko testu bakoitzari testuinguru historiko bat ezartzen dion, azalpen zehatzak emanez baina betiere kutsu literario argi baten laguntzaz.
Historialari gisa, haatik, eskola positibistaren barruan kokatu beharko litzateke, ahalegin handiena egin zuelarik mota orotako testu eta datuak biltzen, antolatzen eta ezagutarazten. Bere kezka intelektual guztien muinean etxea aurkitzen dugu, ondoko aipuan argi ikusten den bezala: “Tres circunstancias caracterizan exteriormente la familia vascongada: el solar, el apellido y el escudo de armas [...] el apellido es comúnmente la denominación del solar, cuya situación toponímica describe con exactitud y precisión [...] el escudo de armas corresponde generalmente al apellido, del cual es una reproducción gráfica” (in La heráldica entre los euskaldunas: memoria, 1905, 3.-4. or.). Testuinguru horren barruan, lan ildo nagusiak Genealogia eta Heraldika arloetan garatu zituen, hots, deitura baten atzean dauden familiako kideak zehazteko lanetan eta familia horri atxikitzen zaion armarriaren deskribapenean, betiere, ahalaz, oinetxe jakin bati loturik. Mota horretako dokumentazioa batez ere XVI. mendetik aurrera aurkitzen badugu ere, bera beti saiatu zen Erdi Aroraino igotzen, nolabaiteko iturburuaren bila. Izan ere, Erdi Aro Berantiarreko leinuen borroka eta alderdikeriekin lotutakoak dira bere ikerketarik ospetsuenak, gorago esan dugun bezala.
Genealogiaren esparruan, Ensayo de un padrón histórico de Guipúzcoa da bere lan nagusia, 1928an liburu gisa argitaratua, baina aurretik urte luzez atalka eman zuena Euskal Erria aldizkarian: 3.400 familiaren berri zehatza ematen du. Lehenago hasi zen heraldika lanetan, obra nagusia duelarik Diccionario heráldico de la nobleza guipuzcoana, zeinetan bostehun bat armarriren berri zehatza eskaintzen baitu; hori ere hasieran atalka argitaratu zuen Euskal Erria aldizkarian eta ondoren hainbat aldiz emendatu eta berrargitaratu zuen, azkena 1927an Estudios de heráldica vasca izenburuarekin, gai bereko beste bi ikerketarekin batera: La heráldica entre los euskaldunas eta Lecciones de genealogía y heráldica. Horiek guztiak dira, apika, bere lanik luze eta sendoenak.
Horretaz gain, testu zaharren argitalpenean ere nabarmendu zen: batik bat kronika historikoak (adibidez, Garibai, Mendieta eta Lope Gartzia Salazarren testuak), baina baita gorago aipatu ditugun euskal kanta zaharrak ere (Los cantares antiguos del euskera). Hain zuzen, kanta horietako gehienak (guztiak ez esateagatik) aurrez aipatu ditugun kronika zaharretan eta beste batzuetan agertzen ziren, baina guztiz sakabanatuta eta modu erabat episodikoan aipatuta; Guerraren meritu nagusia izan zen guztiak biltzea eta argitaratzea, zein bere testuinguru historiko zehatzean kokatuz. Lan hori ere lehendabizi atalka argitaratu zuen Euskalerriaren alde aldizkarian eta ondoren liburu bakar batean (1924). Ikertzaile guztiek aitortu izan dute bilketaren eta kokapen historikoaren meritua, baina, era berean, filologoen artean betidanik kritikatu izan da bai testuen transkripzioa bai hauen interpretazioa; aipagarria da, adibidez, bere garaian Julio Urkixok egin zion kritika orekatua, Luis Villasantek bere Historia de la literatura vasca-n (401. atala) jasoa. Izan ere, Guerra euskaldun osoa zen, hizkuntza ondo ezagutzen zuena, baina ez zeukan formazio filologikorik.
Euskaltzaindiari dagokionez, 1925ean izendatu zuten urgazle eta 1941ean euskaltzain oso; laurogeita bat urte zituen ordurako eta handik sei hilabetera hil zen, baina hala eta guztiz ere onartu zuen gerraosteko ataka bereziki zail hartan Euskaltzaindia berriz ere zutik jartzen laguntzea. Hiru bilkuratan parte hartzeko astirik baino ez zuen izan.
Ondoko aldizkari hauetan idatzi zuen: Aranzazu, El noticiero bilbaino, Esfera, Euskal Erria, Euskalerriaren alde, Euskalzale, Euzkadi, La Vasconia, Revista de Historia y Genealogía Española, RIEV, Rivista del Collegio Araldico, Yakintza eta abar.
1887an Espainiako Real Academia de la Historiako kide urgazle izendatu zuten. 1890eko Donostiako Lore Jokoetan haren lan bat saritua izan zen (Ama Birjiña Aranzazu-koaren kondaira). Eskualzaleen Biltzarreko kide izan zen hasieratik eta, orobat, Eusko Ikaskuntzaren I. Kongresuan (Oñati, 1918) parte hartu zuen, Historia sailean hitzaldi bat eskainiz. 1963an Arrasaten Sociedad Cultural Juan Carlos Guerra sortu zuten. 1973an Euskaltzaindiak Arrasaten omendu zuen, L. Villasantek, J. Kerexetak eta J. A. Arana Martixak hitzaldi bana eman zutelarik.
Euskaltzaindiak egin dion omenaldi nagusia, ordea, haren biblioteka eta artxiboarekin lotuta dago. 1973an haren etxea zen Gerraenea bota zutenean, artxiboa eta biblioteka Arrasateko Eskola Politeknikoaren esku geratu ziren; 1983an horrek Euskaltzaindiari transferitu zion mugagabeko lagapenean; ondoko urteetan biak osorik katalogatu eta partzialki digitalizatu ziren, eta ordutik haien kontsulta zabalik dago ikertzaile guztientzat Azkue Biblioteka eta Artxiboan.
Arrasateko plaza batek eta Donostiako kale batek haren izena daramate.
1882, Diccionario heráldico de la nobleza guipuzcoana (Establecimiento Tipográfico de los Hijos de I.R. Baroja). Webgunea
1888, Diccionario heraldico de la nobleza de Guipuzcoa. Tomo segundo (Estab. tipográfico de I. R. Baroja).
1890, Ama Birjiña Aranzazu-koaren kondaira (Ignazio Ramon Baroja-ren Semeen moldizkiran). Webgunea
1905, La heráldica entre los euskaldunas : memoria (Imprenta de la Provincia). Webgunea
1910, Estudios de heráldica vasca [2. argit.] (Librería de J. Baroja e Hijos)
Edukia: El diccionario heráldico de la nobleza guipuzcoana ; La heráldica entre los euskaldunas ; Lecciones de genealogía y heráldica. Webgunea
1913, Indice de las genealogías y pruebas que se custodian en el Archivo General de la Casa de Juntas de Guernica (Imprenta y Encuadernación de J. Baroja e Hijos). Webgunea
1914, Crónica de siete casas de Vizcaya y Castilla / escrita por Lope García de Salazar, año 1454 [arg.] (Est. Tip. "Sucesores de Rivadeneyra"). Webgunea
1915, Quarta parte de los Annales de Vizcaya que Francisco de Mendieta, vecino de Vilbao, recopiló por mandado del Señorío : manuscrito inédito [arg.] ( Imp. y Enc. de Hijos de J. Baroja). Webgunea
1924, Los cantares antiguos del euskera : viejos textos del idioma (Martín y Mena). Webgunea
1927, Estudios de heráldica vasca [3. argit. zuz. eta gehitua] (Librería Internacional).
Edukia: El diccionario heráldico de la nobleza guipuzcoana ; La heráldica entre los euskaldunas ; Lecciones de genealogía y heráldica Webgunea
1928, Ensayo de un padrón histórico de Guipúzcoa : según el orden de sus familias pobladoras (Joaquín Muñoz-Baroja). Webgunea
1930, Oñacinos y gamboinos : rol de banderizos vascos, con la mención de las familias pobladoras de Bilbao en los siglos XIV y XV (Tip. Joaquín Muñoz Baroja). Webgunea
1933, Ilustraciones genealógicas de Garibay referentes a solares vascos (Nueva Editorial). Webgunea
1935, Memorias documentales (s.n.). Webgunea
Euskera agerkarian
1962, "Dos cartas de Juan Carlos Guerra a R. M.ª de Azkue sobre el manuscrito de la obra «Acto para la nochebuena», de Pedro Ignacio de Barrutia, y sobre poesías de la misma procedencia". PDF